いやぁ、相変わらずiTunesConnectへのアップデートは苦労させられます。
おそらく多くの駆け出しアプリ開発者がiTunesConnectへのアップデートで挫折したんではないかと思います。
で、今回はダンジョンRPGのアップデートでいろいろと手間取ったことを書いておこうと思います。
(その1としたのは今後もiTunesConnectへのアップデートについての苦労話を書くことになりそうだからです)

広告SDKが古いことによるエラー

ダンジョンRPGでは広告にAdmobさんを使わせてもらっており、Admobを表示させるためにさらにプラグインを利用させてもらっています。
で、このプラグインに入っているAdmobのSDKが古いとXcodeからiTunesConnectにアップロードするときにエラーではじかれてしまいます。
これ毎回やっちゃまいます。

バージョン番号の付け方が悪い

いちおうUnityでは好きにバージョン番号をつけられるのですが、番号の付け方にはある程度規則があるということで、その規則に従っていないバージョン番号でアップロードしようとするとエラーではじかれます。

1.1.1 とか 1.1 は大丈夫みたいですが、
1.1.1.5 とかはダメっぽいです。

使っているプラグインによってはプッシュ通信の設定が必要

やっとiTunesConnectに無事アップロードできたと思ったら、メールで「Missing Push Notification Entitlement・・・」なんとかとかんとかって感じのメールが届くことがあります。
要するにアプリにプッシュ通信の機能が含まれているけど、あなたのプロビジョニングファイルにはそのアプリのプッシュ通信の許可が含まれていないよね、ってことだと思います。おそらく広告のプラグインに含まれているAPIで判断している自動メールっぽいみたいです。

プッシュ通信を使うならプロビジョニングファイルを更新してからアップロードし直せよって書いているみたいで、いちおうプッシュ通信なんて利用してないのでこのまま様子を見てみようと思います。
これが理由でRejectされたらすぐ対応できるようにすぐに再アップロードできるようにしていますが・・・。